毛细管柱气相色谱仪具有总柱效高、分析速度快和柱容量小等特点。

一、总柱效高：

毛细管柱为开管柱，可以做得更长（n大）；柱管中心是空的，涡流扩散项不存在（A = 0），谱带展宽小，因而总柱效高。

二、分析速度快：

相比大，分配快，有利于提高柱效；载气流动阻力小，渗透性好，因而分析速度快。

三、柱容量小：

进样量小（对单个组分而言，约0.5μg即达极限），需采用分流技术并使用更高灵敏度的检测器，这是毛细管柱气相色谱仪的不足，尤其对痕量分析极为不利，而且宽沸程的样品在分流后会失真。