影响反相离子对色谱仪分离选择性的因素有溶剂极性、离子强度、pH值、离子对试剂性质及浓度、温度等。
一、溶剂极性：
溶剂极性小，洗脱能力强，k值小。
二、离子强度：
水溶液中离子强度大，洗脱能力强，k值小。
三、pH值：
对于弱酸，pH值接近7，组分完全电离，易形成离子对，k值。
pH值降低，固定相中离子对减少，k值减小。
一般情况下，pH = 2～7.4。pH＞8时，硅胶溶解。
四、离子对试剂性质：
离子对试剂烷基链长，疏水性强，缔合物k值大。
无机盐离子对试剂，疏水性小，缔合物k值小。
五、离子对试剂浓度：
离子对试剂浓度为10ˉ4～10ˉ2mol/L。
六、温度：
温度升高，柱效提高。
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